Intervención realizada entre 1942 y 1944 en un palacete del siglo XVIII de la escuela de Ventura Rodríguez situado en la antigua finca de Campo-Alarge, con el objeto de destinarlo a lugar de formación de religiosos de la Compañía de María. La obra consistió en anexionarle tres alas de tres plantas para cerrar un patio ajardinado y en mantener la construcción original como la fachada principal del edificio resultante.
El propio Moya explicaba el enfoque del proyecto de este modo: “Al principio se pensó en continuar las líneas de cornisas e impostas, pero esto no convenía al uso del nuevo edificio, y además […] destruía por completo el efecto del Palacete y de su composición de fachadas en cinco cuerpos. Habiendo comprobado que estas fachadas estaban trazadas con toda exactitud y hasta en sus detalles con la proposición derivada de la relación entre el lado y la diagonal del cuadrado, se resolvió hacer lo nuevo con este mismo sistema de proporción, trazando sus líneas como determinaba la prolongación del trazado hecho sobre las antiguas fachadas, pero sin prolongar ninguna línea arquitectónica de éstas. Se tomó como base del nuevo trazado el módulo 2,25 metros que se dedujo como el más conveniente para el programa. Este módulo, desarrollado en ambos sentidos con la relación antes citada, ha servido para el trazado completo de plantas y alzados” (LMOYAB_D003_C001-03_005).
El palacio se destinó a zona administrativa mientras que el resto se dedicaba a aulas, laboratorios, habitaciones de alumnos y profesores y los servicios que estos usos requieren. En el centro del pabellón trasero se situó la capilla, pieza singular del conjunto, de planta de cruz griega aunque la nave longitudinal es ligeramente superior a la transversal. La intersección de ambos brazos se cubre con una cúpula de 12 m de diámetro que configura un espacio unitario de gran centralidad, que coexiste con el uso procesional entre acceso y altar. Se realiza con 16 arcos cruzados construidos con hiladas de rasilla y de ladrillo que estriban en el anillo superior. Este pequeño templo es el punto de partida de las posteriores iglesias de planta elíptica del arquitecto, cuyo ejemplo perfeccionado sería, años más tarde, San Agustín.

Los arquitectos Pedro Muguruza, Luis Moya y Enrique Huidobro realizaron la reconstrucción de la iglesia parroquial de Manzanares, Ciudad Real, entre los años 1940 y 1945. El templo, de finales del XIV-principios del XV, había sufrido un incendio durante la guerra civil que había afectado, sobre todo, a las cubriciones y la torre; los muros y los contrafuertes se encontraban, sin embargo, en estado apto para seguir cumpliendo su misión de sustentación.
La reconstrucción fue respetuosa con el estado original de las fachadas, en las que se realizaron apenas una ordenación y una sistematización de los elementos decorativos. La alteración más importante consistió en la elevación de la altura de la nave para darle una proporción más adecuada en relación con su anchura, a juicio de los arquitectos.
En lo que se refiere a las bóvedas, la memoria del proyecto señala que se había planteado "... la construcción de una cúpula sobre pechinas, de tambor bajo y con linterna, que se coloca en el crucero precediendo inmediatamente al tramo del altar mayor. El resto de la nave de la iglesia se ha tratado con una bóveda por arista en el tramo contiguo a la cúpula, y con tres tramos de cañón seguido con lunetas, siendo análogos los tramos que forman los brazos del crucero. El estilo de esta composición es el clásico español con elementos herrerianos y barrocos" (LMOYAB_D020_C004-02_001).
En una fase posterior se acometió la reconstrucción de la parte superior de la torre y de su escalera; para realizar esta labor con fidelidad a su aspecto primitivo, el grupo de arquitectos se apoyó en fotografías antiguas y en una maqueta que se había realizado antes de la guerra. Finalmente, la iglesia se inauguró el 6 de septiembre de 1945.
El fondo Luis Moya Blanco conserva una carta que Enrique Huidobro escribió a Moya narrándole los actos que se celebraron el día de la inauguración. Uno de ello fue una misa que pronunció el obispo de Ciudad Real; como anécdota transcribimos: "Desde el púlpito improvisado [...] el Sr. obispo dirigió la palabra a los fieles, ponderando lo bonita que estaba la Iglesia y prohibiendo a los devotos y devotas regalar imágenes ni retablos sin permiso de los arquitectos" (LMOYAB_D020_C004-02_019).

“... En el periodo de los años 70 y 80, en los que hizo muchos encargos particulares, sobresalen proyectos como el de la unión y acondicionamiento del palacio del marqués de Molins a la Real Academia de la Historia (1973-1983), de la que don Fernando era miembro numerario desde 1965 sucediendo en el sillón a don Modesto López Otero, y el de total renovación (1973-1985) del antiguo palacio de Goyeneche, sede de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando de la que igualmente fue académico de número desde 1973. Pero el proyecto de mayor alcance de estos años fue, sin duda, el de ampliación y acondicionamiento del Museo del Prado que hizo en colaboración estrecha con Rafael Manzano Martos, uniendo el viejo edificio neoclásico de Juan de Villanueva con el claustro de la iglesia de los Jerónimos, si bien no se llevó a cabo. Huelga decir aquí que Fernando Chueca ha sido, historiográficamente hablando, el mejor conocedor e intérprete de Juan de Villanueva, y a la vez autor junto a Lorente Junquera de la ampliación más respetuosa del Museo del Prado, llevada a cabo entre 1952 y 1954.”
NAVASCUÉS PALACIO, Pedro. “Fernando Chueca Goitia”. En AA.VV., El legado del arquitecto, Madrid: Mairea libros, 2012, p. 36.

“... En el periodo de los años 70 y 80, en los que hizo muchos encargos particulares, sobresalen proyectos como el de la unión y acondicionamiento del palacio del marqués de Molins a la Real Academia de la Historia (1973-1983), de la que don Fernando era miembro numerario desde 1965 sucediendo en el sillón a don Modesto López Otero, y el de total renovación (1973-1985) del antiguo palacio de Goyeneche, sede de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando de la que igualmente fue académico de número desde 1973. Pero el proyecto de mayor alcance de estos años fue, sin duda, el de ampliación y acondicionamiento del Museo del Prado que hizo en colaboración estrecha con Rafael Manzano Martos, uniendo el viejo edificio neoclásico de Juan de Villanueva con el claustro de la iglesia de los Jerónimos, si bien no se llevó a cabo. Huelga decir aquí que Fernando Chueca ha sido, historiográficamente hablando, el mejor conocedor e intérprete de Juan de Villanueva, y a la vez autor junto a Lorente Junquera de la ampliación más respetuosa del Museo del Prado, llevada a cabo entre 1952 y 1954.”
NAVASCUÉS PALACIO, Pedro. “Fernando Chueca Goitia”. En AA.VV., El legado del arquitecto, Madrid: Mairea libros, 2012, p. 36.

“... En el periodo de los años 70 y 80, en los que hizo muchos encargos particulares, sobresalen proyectos como el de la unión y acondicionamiento del palacio del marqués de Molins a la Real Academia de la Historia (1973-1983), de la que don Fernando era miembro numerario desde 1965 sucediendo en el sillón a don Modesto López Otero, y el de total renovación (1973-1985) del antiguo palacio de Goyeneche, sede de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando de la que igualmente fue académico de número desde 1973. Pero el proyecto de mayor alcance de estos años fue, sin duda, el de ampliación y acondicionamiento del Museo del Prado que hizo en colaboración estrecha con Rafael Manzano Martos, uniendo el viejo edificio neoclásico de Juan de Villanueva con el claustro de la iglesia de los Jerónimos, si bien no se llevó a cabo. Huelga decir aquí que Fernando Chueca ha sido, historiográficamente hablando, el mejor conocedor e intérprete de Juan de Villanueva, y a la vez autor junto a Lorente Junquera de la ampliación más respetuosa del Museo del Prado, llevada a cabo entre 1952 y 1954.”
NAVASCUÉS PALACIO, Pedro. “Fernando Chueca Goitia”. En AA.VV., El legado del arquitecto, Madrid: Mairea libros, 2012, p. 36.