Los arquitectos Pedro Muguruza, Luis Moya y Enrique Huidobro realizaron la reconstrucción de la iglesia parroquial de Manzanares, Ciudad Real, entre los años 1940 y 1945. El templo, de finales del XIV-principios del XV, había sufrido un incendio durante la guerra civil que había afectado, sobre todo, a las cubriciones y la torre; los muros y los contrafuertes se encontraban, sin embargo, en estado apto para seguir cumpliendo su misión de sustentación.
La reconstrucción fue respetuosa con el estado original de las fachadas, en las que se realizaron apenas una ordenación y una sistematización de los elementos decorativos. La alteración más importante consistió en la elevación de la altura de la nave para darle una proporción más adecuada en relación con su anchura, a juicio de los arquitectos.
En lo que se refiere a las bóvedas, la memoria del proyecto señala que se había planteado "... la construcción de una cúpula sobre pechinas, de tambor bajo y con linterna, que se coloca en el crucero precediendo inmediatamente al tramo del altar mayor. El resto de la nave de la iglesia se ha tratado con una bóveda por arista en el tramo contiguo a la cúpula, y con tres tramos de cañón seguido con lunetas, siendo análogos los tramos que forman los brazos del crucero. El estilo de esta composición es el clásico español con elementos herrerianos y barrocos" (LMOYAB_D020_C004-02_001).
En una fase posterior se acometió la reconstrucción de la parte superior de la torre y de su escalera; para realizar esta labor con fidelidad a su aspecto primitivo, el grupo de arquitectos se apoyó en fotografías antiguas y en una maqueta que se había realizado antes de la guerra. Finalmente, la iglesia se inauguró el 6 de septiembre de 1945.
El fondo Luis Moya Blanco conserva una carta que Enrique Huidobro escribió a Moya narrándole los actos que se celebraron el día de la inauguración. Uno de ello fue una misa que pronunció el obispo de Ciudad Real; como anécdota transcribimos: "Desde el púlpito improvisado [...] el Sr. obispo dirigió la palabra a los fieles, ponderando lo bonita que estaba la Iglesia y prohibiendo a los devotos y devotas regalar imágenes ni retablos sin permiso de los arquitectos" (LMOYAB_D020_C004-02_019).

La Parroquia de Santa María Madre de la Iglesia ocupa la zona sur de la finca que los Religiosos Marianistas poseen en el barrio de Carabanchel Alto, en Madrid. Allí se localizan también otras obras de Luis Moya como el Escolasticado de Nuestra Señora del Pilar (unidad documental LMOYAB_021), las Escuelas Amorós (LMOYAB_050), unos enterramientos con capilla para la orden (LMOYAB_031) y la Editorial SM (LMOYAB_068).
El conjunto parroquial cuenta con el acceso principal por la calle Gómez Arteche y con otro, al norte, que lo comunica con el resto de la propiedad. Está formado por iglesia, salón de actos y pabellón anejo; en el sótano del segundo y en la edificación adyacente se disponen dependencias destinadas a servicios pastorales y a residencia para religiosos.
El templo, proyectado a partir de 1965, "se funda en la experiencia adquirida en una Capilla de idéntica forma construida en Gredos para el Noviciado de esta misma Compañía de María" según palabras del propio autor (LMOYAB_D016_C003-06_008). Cumple los requerimientos de la liturgia post-conciliar y, como es usual en las iglesias de este arquitecto, constituye un claro ejemplo de identidad entre forma y construcción así como de expresión de los materiales, en este caso el ladrillo, que queda visto en todos los exteriores y en los interiores accesibles al público.
Moya utiliza la planta central pero conserva el itinerario sagrado entre acceso y altar. La cubre con una bóveda rebajada sin nervios, de 23,10 m de diámetro, que realiza con cuatro tableros de rasilla sobre zuncho de hormigón armado, apoyado éste en un borde quebrado de muros de ladrillo y pilares de hormigón armado. Esta solución se adaptaba al exiguo presupuesto con que se contaba estimándose su coste en alrededor de 10 dólares por metro cuadrado mientras que la misma bóveda construida en hormigón armado hubiera resultado por 35 en ese momento.

La creación de las universidades laborales en la década de los cuarenta del siglo XX es iniciativa del entonces subsecretario del Ministerio de Trabajo, Carlos Pinilla Turiño, con la finalidad de formar a los hijos de los trabajadores afiliados a las mutualidades laborales Concretamente, las Escuelas Salesianas de San José de Zamora se construyen entre los años 1948 y 1953 por los arquitectos Luis Moya, Ramiro Moya y Pedro Rodríguez de la Puente. Se destinaban a cerca de 300 alumnos internos procedentes de toda España y a otros 600 externos de la propia localidad. Su programa incluía aulas, talleres, residencia de estudiantes y profesores, capilla y teatro (pieza cuya terminación se demoró hasta 1957). Todo ello distribuido en torno a una gran plaza ajardinada en la que trabajó como paisajista Javier de Winthuysen (LMOYAB_D015_C003-05_002.
El acceso principal a esta institución se realiza desde un recinto urbano a través de una suerte de fisura en la edificación, situada a un costado de la iglesia, que desemboca en el jardín lateralmente. El templo preside la plaza mencionada ya que se permite el uso a los vecinos del barrio; esta doble utilidad justifica sus grandes dimensiones.
Como en otras obras de arquitectura religiosa de Luis Moya, la capilla pretende integrar la planta basilical y la central, en este caso utilizando un octógono no regular en vez de la elipse habitual, lo que provoca una nueva y atractiva solución de su cúpula de arcos cruzados. El acceso desde las escuelas se produce a lo largo del eje mayor mientras que el exterior, monumental, se sitúa en el menor.
La elección de los materiales se justificaba por sus autores del siguiente modo: "EI sistema de construcción sigue la tradición por razones prácticas y económicas cuya validez ha sido confirmada por el resultado. Los muros de carga, hechos de fábrica, resuelven a la vez la estructura y el aislamiento, con materiales y mano de obra de la localidad. Los forjados consisten en bóvedas tabicadas de 2,40 m de luz, apoyadas sobre vigas de hormigón armado de muy poca cuantía de hierro, porque la composición del conjunto permite que el canto de las vigas sea grande. Los grandes ámbitos se cubren con bóvedas tabicadas cilíndricas de gran luz, con los tirantes a la vista (talleres) o incluidos en el piso (salones). En la capilla, un zuncho resuelve los empujes, porque su trazado se ha hecho previendo esta estructura. Incidentalmente, la gran bóveda de la capilla ha alcanzado, según creemos, el límite posible en ligereza y rapidez de construcción, con muy escaso personal y muy ligero andamio” ("Fundación San José, en Zamora”, Revista Nacional de Arquitectura, año XV, mayo 1955, n° 161, p. 2).

El proyecto de la iglesia del Sagrado Corazón es un encargo que realiza el párroco de la iglesia de la Virgen Grande de Torrelavega, Teodosio Herrera, a Luis Moya al que conocía desde la construcción de esa parroquia. El templo se localizaría en Mies de Vega, al oeste de la población, en una zona cuyo desarrollo urbanístico se preveía inmediato.
Moya traslada al nuevo trabajo los presupuestos básicos de la capilla del Colegio de Santa María del Pilar que había construido en Madrid en la década de los sesenta. Como ella, consta de dos plantas, la inferior dedicada a cripta, salón de actos, sala de reunión y dependencias auxiliares; la superior destinada a iglesia precedida por un vestíbulo. Además, a los pies del templo dispone un coro elevado al que se llega por medio de escaleras que suben desde el acceso. El arquitecto utiliza también un paraboloide hiperbólico para cubrir la edificación lo que le confiere un marcado carácter tanto en lo formal como en lo constructivo.
Luis Moya mantiene en este ejemplo las constantes de su arquitectura religiosa: la simultaneidad de nave central y nave itinerario, la fuerza del volumen como elemento unitario, la expresividad de las superficies que lo limitan y la superposición de un elemento de fachada.
Este proyecto nunca llegó a construirse. Mucho mas tarde, en los años noventa, el arquitecto cántabro Luis Castillo Arenal fue el encargado de redactar otro y de llevarlo a cabo. Las obras, sin embargo, no se terminaron debido a que el sector no se desarrolló tal como se había imaginado. Actualmente la iglesia sigue inacabada y se levanta aislada entre parcelas vacías.

Corresponde este proyecto no construido a la primera localización de la iglesia parroquial de San Agustín, en un solar que designó el Ayuntamiento y la Junta de Reconstrucción de Madrid en la misma calle de Joaquín Costa pero frente a la iglesia finalmente edificada, en una plataforma elevada con acceso también por la calle Guadalquivir.
El programa que desarrolla es el de iglesia y casa parroquial y para la primera se utiliza, según instrucciones del vicario, el modelo de San Jerónimo. Moya la organiza al modo tradicional, con el ábside a oriente y la fachada principal a poniente, planta rectangular de 40,50x19,40 m con nave central de 13 m de anchura y dos tránsitos laterales para circulación y disposición de confesionarios; el ábside, también rectangular, se eleva cinco peldaños sobre el nivel de la iglesia y cuenta con tres capillas laterales y otra, mayor y de forma circular, para el Santísimo Sacramento. El coro se ubica sobre el vestíbulo de acceso y, sobre las naves laterales, se sitúan dos galerías para las celebraciones que requieran mayor aforo. Los anejos se instalan alrededor de la cabecera, juntos y entorno a un claustro y se incorpora una torre que actúa como fondo perspectivo de la calle Joaquín Costa, en su tramo este.
El edificio parroquial ocupa cuatro plantas de tres alas alrededor de un patio de 7,50x12,50 m. En él se desarrolla un programa de despachos, locales para Acción Católica, salón de actos para 210 personas, escuela, biblioteca y viviendas para los sacerdotes.
Respecto a la construcción, el arquitecto especifica que "... será la usual en Madrid para el Edificio Parroquial y dentro de la severidad y modestia que corresponde a este Edificio. Teniendo en cuenta la escasez de hierro, la estructura se compondrá de muros de carga de fábrica de ladrillo y de arcos de la misma fábrica, con forjados de hormigón armado donde no se puedan emplear bóvedas de rasilla. Las fachadas serán de fábrica de ladrillo visto y las cubiertas de teja curva. Los pavimentos y zócalos serán de baldosa, como es tradicional en Madrid, reservándose la madera para algunos despachos y salas" (LMOYAB_D009_C001-08_005).
La iglesia se cubre con una bóveda rebajada para conseguir una buena audición, el mismo Moya explica que"... la curva de esta bóveda ha sido calculada de manera que la concentración de sonido se produzca en un punto no existente en el interior." (LMOYAB_D009_C001_08_005). Esta bóveda se concibe en rasilla sin armadura metálica, con contrafuertes interiores de hormigón en masa con una ligera armadura que absorben los empujes horizontales, aprovechando la experiencia del autor en las obras de reconstrucción del Hospital de San Pedro de la Congregación de Sacerdotes de Madrid (unidad documental LMOYAB_105).
En 1946 se consiguió el solar de la calle Joaquín Costa donde se edificaría la iglesia definitivamente. Moya abandona ahí el modelo de basílica y aborda la planta elíptica que todos conocemos, más próxima a sus objetivos unidad y coherencia para la Casa de Dios.